广州中医药大学于1972年开办中药班，1976年开始招收中药学本科专业，1984年在中药学专业的基础上成立中药系，1997年经国家中医药管理局批准更名为“中药学院”。中药学1981年获全国首批硕士学位授权，1998年获一级学科博士学位授权。2004年9月，中药学院将整体搬迁进入广州大学城新校区。
广州中医药大学中药学院的前身是广州中医药大学中药班、广州中医药大学中药系，1997年经国家中医药管理局批准更名为“中药学院”。
广州中医药大学中药学学院经过50年的发展历程，在学科建设、专业建设、课程建设、人才培养等方面，形成了较为完整的中药学高等教育体系。
中药学院下设药理学、中药学、方剂学、中药分析、化学、中药化学、中药药剂学、中中药学院目前具有国家重点学科二级学科1个、国家中医药管理局重点学科1个、广东省重点学科1个、承担211工程建设项目子项目1项。
中药制药学科于2003年成为国家中医药管理局重点学科，并于2006年滚动进入第二轮重点学科建设行列，2007年12月接受了国家中医药管理局专家组的现场验收，专家组通过讨论一致认为广州中医药大学中药制药学重点学科建设达到或部分超过国家中医药管理局重点学科建设规划书中的目标。
中药学科于2000年被确定为省重点学科，2003年、2006年连续跨入广东省重点学科行列。在2007年第八轮广东省重点学科申报评估中，中药学科再次被确定为广东省一级学科重点学科。
中药学院承担的“十五”期间“211工程”建设项目子项目 “南药种质资源库构建及综合开发利用”于2003年开始建设，2006年以优秀成绩通过验收。
药炮制学、药植鉴定学等九个教研室以及实验管理中心和中药标本中心。与学院实行院所合一体制的“中药研究所”下设四个研究室：中药药理、毒理研究室，中药质量标准研究室，中药资源研究室和中药制剂工艺研究室。中药学院是“国家中药现代化工程技术研究中心”、“国家教育部现代中成药工程研究中心”、“砂仁等中药材规范化种植(GAP)研究示范基地”等国家级工程（研究）中心的主要组成部分，也是广东省建设“国家中药现代化科技产业基地”的重要组成单位。
中药学院的中药学（中药制药）学科1997年被确定为国家中医药管理局与广东省人民政府共建重点学科，2000年被评为广东省省级重点学科，2001年被确定为国家中医药管理局局级重点学科。中药学课程1997年被评定为广东省高等院校省级重点课程，《方剂学》、《药理学》课程为校级重点课程。