2004年首都医科大学成立化学生物学与药学院。2016年更名为药学院。学院本着生源教育的宗旨，打造精品教育。建设药学学科群，完善师资队伍，支撑教学、科研和社会服务三大功能。
　　药学院现有教职员工48人，其中教师38人，具有博士学位的占96%。实验室技术人员6人，行政管理人员4人。其中正副教授25人，博导6人、硕导25人。
　　学院现设有6个学系和一个实验教学中心，即化学生物学系、药物化学系、药理学系、药剂学系、天然药物学系、临床药学系和基础与专业国家级实验教学示范中心。学院现有多肽及小分子药物北京市重点实验室、内源式预防药物教育部工程研究中心，药学安全实验教学国家虚拟仿真项目，以及药物化学和药理学北京市重点学科，药剂学和药物分析学北京市重点建设学科。现有药学硕士学位授权点、药学专业学位授权点、药学博士授权点，以及博士后流动站。
　　药学院每年承担全校的本科、专科、专升本、研究生、留学生等5个层次62门3700余学时理论课和58门7900余学时实验课，共11600余学时。获北京市教育教学二等奖2项。学院现有北京市教学名师2人，依托国家级实验教学示范中心和北京市高等学校示范性校内创新实践基地支撑教学实践活动。
　　建院以来，学院承担过“973”、“863”、“十一五”、“十二五”“十三五”新药创制科技重大专项、国家自然科学基金、北京市自然重点项目等。发表SCI论文290余篇，最高IF>12.0。授权的国家发明专利210余项。获北京市科技进步奖二等奖1项。
　　药学院在“十三五”期间的总体目标是：全面提高学院在学科建设、人才培养、科学研究、科技开发、科学管理上的整体水平，力争到“十三五”末期，把我院建成有特色，国内知名的药学院。