上海海事大学交通运输学院是全国高校最早创建交通运输类专业的学院之一，开创了新中国航运管理人才培养的先河。学院前身是建于1950年的大连海运学院海运管理系和建于1952年的武汉水运工程学院的航运系。1962年和1963年经交通部专业调整，大连海运学院、武汉水运工程学院两院的水运管理专业整体调入上海， 组建成上海海运学院水运管理系，时为国内唯一的航运管理类专业。学院现拥有交通运输规划与管理博士学位授予权，交通运输工程、交通运输规划与管理2个硕士点，国际航运与物流、物流工程与管理2个中外合作研究生培养项目，交通运输、航运管理、物流管理、交通工程4个本科专业。交通管理（航运管理）、物流管理专业为国家级特色专业，交通运输类专业为国家重点（培育）学科。
　　交通运输、国际航运管理为学校的特色专业。1986年交通运输、国际航运专业被列为上海市重点专业，1988年交通运输规划与管理被列为交通部重点学科。交通运输规划与管理学科于2007年和2008年先后被国家教育部和上海市教委批准为国家重点（培育）学科和上海市教委重点学科。航运管理、物流 管理被列为国家特色专业。2008年物流管理及航运管理专业两个特色专业获上海市本科教育高地建设项目资助专业。交通运输学院现拥有交通运输规划与管理博士学位授予权，在校博士生达20余名；交通运输工程与交通
　　运输规划与管理2个硕士点，国际航运与物流工程与物流工程与管理2个中外合作研究生培养项目，共培养在读硕士研究生500余名；交通运输、航运管理、物流管理、交通工程四个本科专业，在读学生2000余人。“国际航运管理”课程获国家级精品课程，“仓储与配送”课程获上海市精品课程。“物流管理”与“航运管理”专业均为国家级特色专业建设点。
　　上海海事大学交通运输学院作为全国最早创立交通运输工程专业及第一批硕士点院校之一，积累了半个多世纪的人才培养与学科研究的丰厚经验，逐步发展成为我国从事交通运输（水运管理）专业教学与研究的主要基地。
　　学院学科体系完整，人才培养层次齐全，在校全日制研究生300人，本科生2400人。其中交通运输规划与管理学科于2007年和2008年先后被国家教育部和上海市批准为国家重点（培育）学科和上海市重点学科。物流管理、航运管理专业为国家级特色专业，交通运输、航运管理、物流管理被列为上海市本科教育高地。